一项研究产生的数据可能已经分散在几个专门档案中,也可能还有一些文件没有合适的存放位置。EMBL-EBI对BioStudies的介绍,把这两种情况接到一份研究记录上:组织通往其他数据库的链接,同时承载不适合其他位置的数据及元数据。[1] 所谓从一处接触研究数据,不等于所有原始文件都必须从原来的专门档案迁走。

2016年9月5日的机构介绍给出一组具体例子:一项研究使用ENA中的序列数据、MetaboLights中的代谢组数据,另有无处归档的电子表格和十余幅图像。[2] BioStudies记录把指向前两类档案的链接与后面的零散文件放在一起呈现。它组合的是相关资料的入口和文件,不是把序列档案、代谢组档案与表格改称同一种数据。

这个例子还解释了研究记录为什么有独立价值。一篇文章可以在正文不同位置提到多个accession number,并把其他材料作为补充文件附后。若这些入口散落各处,读者需要分别辨认文章指向了哪份档案、哪些材料仍附在文章旁。[2] 按研究组织的一份记录,将这种联系集中保存,却仍保留各专门档案的身份;集中呈现与集中存储所有原件不是同一件事。

显微图像在这份介绍里属于需要组织的数据对象。机构说,新实验方式可能产生新格式,例如高分辨显微图像、常以表格承载的数据,或多种数据的整合。[2] 本文只采用文件形态与组织关系,不解释图像所示的研究结果。相同的一项研究记录可以联系图像与表格,也没有因此消除二者在资料形态上的差别。

对尚未形成专门档案的新格式,描述性元数据承担了另一个任务。介绍说,新格式的数据需要足够描述信息,才能被找到;当相关数据积累、社区需求与标准逐步明确,未来可以建立专门档案,原BioStudies记录再链接过去。[2] 这是一种可延续的组织关系:最初没有专门去处,不表示数据从此只能永久独立存在于同一种容器里。

研究记录的时间也不完全由论文决定。2016年介绍明确,BioStudies作为独立于已发表文章的数据容器,可以随时间更新,作者在发表后仍可增加重要资料。[2] 同文又说,一份记录可以像论文的数据镜像,却不必先有论文。因此,某篇文章的发表时间与一份研究数据记录的建立、补充,并不是只能合成一个日期的事实。

当时介绍还把BioStudies与Europe PMC联系起来:平台依据文本挖掘识别的accession number和补充材料形成记录。[2] 这是2016年材料叙述的数据组织流程,不是本文执行了提交或检索。对共享科研资料整理,链接说明数据原来在哪里,文件说明额外材料是什么,元数据与更新记录则让这些联系继续可被认识;它们共同保留研究资料,而不替代对数据本身的科学解释。

信息来源

本文基于上述公开资料整理,未使用来源页面的图片、视频或嵌入媒体。