共享显微图像时,文件之外往往还要说明图像从哪里来,以及使用者后来怎样理解和整理它。Open Microscopy Environment的OMERO功能页没有把这些说明统称为一种标签,而是分别列出Acquisition metadata、Annotate data和User-added metadata。沿着这几个栏目阅读,能够看出采集记录与后续整理的不同任务。[1]
Acquisition metadata说的是图像采集元数据。该页明确提到,可以在OMERO.insight和OMERO.web中浏览这些内容。它关注图像采集时附带的说明,而不是让使用者为一批文件临时起一个易记的名字。仅从这一功能介绍,本文不进一步罗列具体仪器参数,也不判断某条记录是否足以解释实验结果;重要的是先认清栏目所指的资料来源。
用户后加的信息则有更丰富的表达形式。Annotate data列出描述、评论、附件、标签和评分;User-added metadata另列出键值对。标签可以作为简短标记,评论可以承载文字说明,附件又保留另一份材料的形式。键值对把信息组织成一项名称与对应内容的组合。这些形式并列出现,说明用户整理资料时并非只能把所有说明塞进一个文件名里。[1]
举一个仅用于解释的情境:共享平台里有一组图像,后来被用于某次内部讨论。采集元数据仍描述图像取得时附带的信息;讨论主题可以成为后来增加的标签,交流中的解释可以放在评论或描述中。这个假设不对应真实实验,也不意味着OMERO会自动判断这些说明是否正确。它只是展示同一图像可以同时具有取得时的资料和后续使用语境。
功能页开头把这些安排与浏览、筛选联系起来:查看采集元数据,增加自己的注释,并用注释筛选资料。页中还列有Projects和Datasets,供管理与组织图像。但这份简短说明没有在此给出二者的完整数量关系,因此不能仅凭名称补写一套严格的层级规则。用于分类查找的标记,也不自动成为某项科学结论的证明。
OMERO总览页把organize与view、analyze、publish、export分别列为功能。整理图像和分析图像因而是相邻的能力,并非同一个完成状态:有标签可查找,不代表已经做过分析;能够看到图像,也不表示本文实际运行了任何分析工具。[2] 对共享设施的资料交接,先区分这些动作所对应的信息,能让接手者理解目录已经说明了什么。
本文依据OME公开功能介绍整理,网页首次发布日期未明确,页脚版本标记不当作首发日期。这里讨论的是显微图像资料的组织概念,未安装或登录系统,未验证权限、备份或安全效果,也不涉及样品操作和临床解释。采集元数据与后加注释各自保留身份,才有条件继续讨论它们如何共同帮助查找与理解资料。
信息来源
- University of Dundee / Open Microscopy Environment:OMERO Features | Open Microscopy Environment (OME)
- University of Dundee / Open Microscopy Environment:OMERO | Open Microscopy Environment (OME)
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